Çene kistleri genellikle cerrahi yöntemlerle çıkarılır. Tümörler söz konusu olduğunda ise, tümörün tipi ve yayılımı değerlendirilerek cerrahi müdahale planlanır. İyi huylu tümörler çoğu zaman tamamen çıkarılırken, kötü huylu tümörlerde daha kapsamlı cerrahi ve ek tedavi yöntemleri gerekebilir. Bu tür cerrahi işlemler, mutlaka deneyimli bir çene cerrahı tarafından yapılmalıdır. Çene cerrahisi, hem estetik hem de fonksiyonel açıdan hassas bir bölge olduğundan, komplikasyon risklerini en aza indirmek için uzmanlık gerektirir. Ayrıca, kist ve tümör operasyonları sonrasında kemik ve diş kayıpları görülebileceğinden, yalnızca bir çene cerrahı bu operasyonların ardından bölgenin rekonstrüksiyonu için uygun planlamayı yapabilir. Rekonstrüksiyon süreci, estetik ve fonksiyonel açıdan çene yapısının onarılması için oldukça önemlidir.

Kistlerin bazı türlerinde enfeksiyon tedavisi için antibiyotikler kullanılabilir. Ayrıca, cerrahi müdahale öncesi ve sonrasında ağrı kesiciler ve antienflamatuar ilaçlar da önerilebilir.

Kötü huylu tümörlerin tedavisinde cerrahi müdahaleye ek olarak radyoterapi ve kemoterapi uygulanabilir. Bu tedaviler, tümörün yayılmasını kontrol altına almak ve cerrahi müdahale sonrası kalan tümör hücrelerini yok etmek için kullanılır.